國家級自然保護區(qū)是自然生態(tài)最優(yōu)質(zhì)、生物多樣性最豐富的地方。為解決中央環(huán)保督察暴露出保護區(qū)管理方面的問題，五里坡管理中心堅持問題導向，著力依法保護，提升治理水平和治理能力。

機構上劃，解決管理體制的問題。2019年，重慶市轄區(qū)內(nèi)所有國家級自然保護區(qū)上劃市林業(yè)局直管，五里坡自上劃后，理順管理體制，解決了過去 “不好管”的問題。現(xiàn)在，保護區(qū)內(nèi)項目的規(guī)劃、建設，基本上要事先咨詢五里坡管理中心；同時，勇于直面違法違規(guī)問題線索并及時移送。

一區(qū)一法，解決職責不明的問題。以中央生態(tài)環(huán)保督察問題整改為契機，五里坡管理中心牽頭起草《重慶五里坡國家級自然保護區(qū)管理辦法》，由市林業(yè)局和巫山縣人民政府聯(lián)合印發(fā)，明確了屬地、屬事管理責任。保護區(qū)實行綜合管理、監(jiān)督管理與分部門管理相結合的管理體制，明確了不同性質(zhì)違法案件的執(zhí)法主體機構，保護區(qū)管理機構按照市委編辦確定的職責認真履職，形成了各司其職、齊抓共管的格局。同時，縣政府還印發(fā)了《關于進一步加強重慶五里坡國家級自然保護區(qū)農(nóng)村房屋建設管理工作的通知》。

司法協(xié)作，解決履職不力的問題。自然生態(tài)的系統(tǒng)保護、合理利用，需要多方面協(xié)作。五里坡管理中心與縣檢察院簽訂《聯(lián)合建立五里坡國家級自然保護區(qū)生態(tài)環(huán)境保護協(xié)作機制實施辦法》，在全國率先設立“生態(tài)檢察官辦公室”，檢察院用生態(tài)公益訴訟職責督促相關單位履職。一年多來，已開展聯(lián)合巡查56人次、警示案例教育6場次、抄送函2件。